Doktorské studium

Studijní obor Parazitologie

Stručná charakteristika oboru

Obor Parazitologie doktorského studijního programu Biologie je komplexní vědní obor zabývající se studiem všech aspektů vyplývajících ze vztahů mezi parazitem a hostitelem. DSP oboru Parazitologie na Přírodovědecké fakultě MU je proto koncipován tak, aby se jeho studenti seznámili s nejrůznějšími aspekty parazitismu, a sice studiem morfologické i molekulární diverzity parazitů, adaptacemi parazitů na různých úrovních (morfologické, fyziologické, biochemické i behaviorální), ekologickými vztahy na úrovních parazit-hostitel a parazit-parazit, evolučními procesy v systému parazit-hostitel, imunitní odpovědí hostitele vůči parazitární infekci, molekulárními interakcemi v parazito-hostitelských systémech, a aplikací parazitologie ve veterinární a humánní medicíně. Doktorské práce jsou orientovány na řešení specifických otázek v rámci tematických okruhů (viz níže) spadajících do jedné z následujících oblastí: diverzita a fylogeneze parazitických organizmů, evoluční ekologie, molekulární ekologie parazitů, buněčné biologie parazitů, molekulární biologie parazitů, imunologie, biochemie parazitů nebo aplikované parazitologie.

Profil absolventa oboru

Profil absolventa je do značné míry dán specifickými cíli doktorské práce, které určují charakter přípravy studenta pro samostatnou vědeckou práci nebo praxi v oboru. Tomu odpovídá uplatnění absolventů, kteří jsou připravováni pro práci v ústavech AV ČR a v ústavech rezortních, ve školství, zdravotnictví, veterinární medicíně, ale také ve státní správě a u soukromých firem. Absolvent DSP parazitologie se orientuje v problematice studované v doktorské práci, je schopen diskutovat s odborníky na mezinárodní úrovni, samostatně uvažovat při řešení tematicky blízké a navazující problematiky, nastudovat postupy možného řešení a pomocí adekvátních metod problematiku samostatně řešit. O svých výsledcích je schopen referovat ve formě odborných článků v mezinárodních i národních časopisech a také formou aktivních vystoupení na odborných fórech.

Vstupní požadavky na uchazeče o přijetí ke studiu

Základní podmínkou pro přijetí uchazeče o studium DSP Parazitologie je ukončené magisterské vzdělání biologického směru (diplom Mgr. nebo jeho ekvivalent ze zahraniční univerzity, popř. Ing. z biologicky zaměřeného studia, nejlépe s jednou ze specializací zoolog, obecný biolog, molekulární biolog nebo absolvent veterinární medicíny). Uchazeč může být přijat podmínečně, pokud předchází termín přijímacího řízení termín ukončení pregraduálního studia. Téma doktorské práce a její cíle musí být specifikovány k datu přijímacího řízení, je součástí individuálního studijního plánu studenta a podléhá schválení oborovou radou (OR). Případné změny a úpravy během studia schvaluje OR na základě návrhu školitele. Školitel nese plnou odpovědnost za financování výzkumu souvisejícího s tématem doktorské práce.

Přijímací řízení probíhá formou pohovoru, který se skládá ze dvou částí: odborné a jazykové. Komise ověřuje a boduje úroveň odborných znalostí a předpokladů uchazeče k samostatné vědecké práci (0-200 bodů) a znalostí anglického jazyka (0-100 bodů). Pro přijetí musí uchazeč získat minimálně 120 bodů v odborné a minimálně 60 bodů v jazykové části zkoušky. V odborné části jsou prověřeny schopnosti uchazeče vědecky pracovat, jeho základní rozhled v parazitologii a oborech souvisejících s konkrétním tématem doktorské práce. Student představí náplň, hlavní cíle a způsob jejich dosažení (metodické přístupy aplikované při řešení). Přijímacího řízení se zúčastní budoucí vedoucí doktorské práce a představí finanční zajištění výzkumu realizovaného v dané doktorské práci. Odborná část zkoušky zahrnuje i testování znalostí obecné parazitologie a základního přehledu parazitických skupin. Požadovaná úroveň znalostí odpovídá vysokoškolským kurzům předmětů vyučovaných v magisterském studiu pro specializaci parazitologie na Ústavu botaniky a zoologie PřF MU. Jazyková část zkoušky probíhá formou konverzace týkající se specializace doktorské práce a příbuzných témat, dosavadních vědeckých výsledků studenta a profesního CV. Předpokládá se, že uchazeč je schopen přečíst a přeložit odborný, biologicky nebo parazitologicky zaměřený text.

Studijní povinnosti a podmínky ukončení studia

Studenti plní své povinnosti především na Ústavu botaniky a zoologie PřF MU, mají-li externího školitele nebo na základě své specializace i v ústavech AV ČR. V odůvodněných případech je možná spolupráce s jiným specializovaným pracovištěm, kde bude realizovaná část doktorské práce, tato spolupráce musí být schválená školitelem. Studium bez stálé přítomnosti studenta na pracovišti, kde probíhá realizace doktorské práce, může být řešeno pouze kombinovanou formou studia. U prezenčního studia existuje i možnost částečného studia v zahraničí, např. pod tzv. dvojím vedením. Obhajoba pak může proběhnout na zahraničním pracovišti, a to za podmínek stanovených Studijním řádem MU.

Individuální studijní plán

Studium v DSP je uskutečňováno formou individuálních studijních plánů (ISP), které jsou pro každý semestr dopředu specifikovány studentem a školitelem. ISP jsou sestavovány tak, aby student úspěšně absolvoval studium v průběhu standardní doby studia a aby v prvních šesti semestrech získal potřebné kredity za (i) absolvování odborných předmětů a kurzů rozvíjejících specializační dovednosti, (ii) aktivní účast na specializačních seminářích, (iii) prokázání odborných kompetencí v angličtině (např. odborná přednáška v anglickém jazyce nebo zahraniční pobyt na specializovaném pracovišti), (iv) za pomoc při výuce i případné další povinnosti. Studentům je doporučeno v průběhu pátého nebo šestého semestru podat žádost o vykonání odborné státní doktorské zkoušky a ISP v dalších semestrech předepisuje zejména práci na dizertaci. ISP pro studenty v kombinované formě sestavuje školitel spolu se studentem přiměřeně tak, že pro každý semestr může školitel stanovit alternativní povinnosti/úkoly např. příprava přednášky pro seminář, zpracování rešerše, příprava materiálů nebo úloh pro výuku nebo cvičení specializačního předmětu, pomoc při organizaci letních škol a kurzů, apod. Na konci každého semestru se zhodnotí realizován ISP. V případě, že student neplní podmínky ISP, může školitel, oborová komise a/nebo oborová rada vyjádřit nesouhlas s postupem do následujícího semestru. Při vytváření i plnění studijního plánu spolupracuje student se školitelem. Plán studenta DSP má přednost před harmonogramem akademického roku. Kromě aktivit na doktorské práci, absolvuje student DSP výukové okruhy v rámci svého individuálního studijního plánu (viz níže). Nedílnou součástí studijního plánu je, v prvním ročníku, příprava tezí disertační práce a krátké informativní vystoupení na specializovaném oborovém (např. Zoologickém a/nebo Parazitologickém) semináři k tématu práce. Alespoň jednou za studium student prezentuje výsledky řešení své disertační práce na společných seminářích ÚBZ. V průběhu studia je doporučeno realizovat zahraniční stáž/pracovní pobyt v rozsahu minimálně 2 měsíce.

Kontrola studia a jeho řádné ukončení

Plnění povinností studenta stanovených individuálním studijním plánem kontroluje školitel a na konci každého semestru připraví v ISu MU písemné hodnocení. V případě veřejného zasedání oborové komise mají studenti povinnost referovat o průběhu svého studia a připravit shrnutí dosavadního průběhu studia a budoucího pokračování. Kromě splnění všech povinností, uvedených v individuálním studijním plánu, musí student doložit před uzavřením studia (před vykonáním státní doktorské zkoušky (SDZ) a obhajobou) nejméně jednu aktivní účast na specializační mezinárodní konferenci s aktivním vystoupením tj. přednáškou v anglickém jazyce. Student musí být publikačně aktivní a musí mít minimálně 2 práce publikované nebo akceptované k publikování (vztahující se k tématu doktorské práce v časopise s přiděleným IF (zařazeném do databáze Thomson Reuters - Web of Science), u každé z nich je prvním autorem. Je však důrazně doporučeno, aby se počet publikací předložených v doktorské práci řídil standardem aktuálně předkládaných prací DSP parazitologie. Dalším důležitým kritériem pro posouzení doktorské práce je i kvalita publikací. Řádné ukončení studia se řídí Zákonem o vysokých školách a Studijním a zkušebním řádem Masarykovy univerzity.

Požadavky na doktorskou disertační práci

Doktorská práce musí být původní dílo vzniklé během DSP studia pod odborným vedením školitele. Může navazovat na poznatky získané během dřívějšího studia, tyto však musí být zřetelně vyznačeny, např. citací. Minimálně část práce získaná během DSP studia musí být v době odevzdání publikována nebo přijata do tisku v odborném časopisu s IF (minimálně dvě kvalitní IF publikace, viz výše) a s dosaženými výsledky musí být seznámena mezinárodní vědecká veřejnost (aktivní konferenční vystoupení, viz výše). Doktorská práce může být napsána česky, slovensky nebo anglicky (preferována je anglicky psaná práce). Rozsah doktorské práce není stanoven, rozhodující je odborná úroveň. V závislosti na počtu a kvalitě přiložených publikaci je možné předložit doktorskou práci ve dvou formách. (1) Práce standardně složena z úvodu (představení problematiky), metodiky, výsledků, diskuze, závěru a seznamu literatury, musí být předložen český i anglický abstrakt a přiloženy publikované nebo k publikaci akceptované práce. (2) Pokud počet a/nebo kvalita publikaci převyšuje standard doktorských prací oboru parazitologie, podle čl. 30/2 Studijního řádu lze doporučit a je preferována doktorská práce předložená formou souboru publikací. Doktorská práce v této formě musí být opatřena jednotícím a vyčerpávajícím vědeckých komentářem daného tématu tak, aby vzniklo logicky ucelené dílo, včetně odkazů na relevantní odbornou literaturu. O formě doktorské práce rozhodne školitel po domluvě se studentem. V případě kolektivně získaných výsledků, musí doktorská práce obsahovat (podle čl. 30/4 b-c) vymezení podílu studenta. Na konci doktorské práce je zařazen životopis a seznam odborných publikací autora (týká se obou forem doktorské práce). Předepsaná je pevná a nerozebíratelná vazba. Předkládají se minimálně 3 exempláře, povinností je i uložení v ISu MU. Autoreferát není vyžadován. Doktorskou práci posuzují minimálně dva oponenti s minimální vědeckou hodností Ph.D. nebo ekvivalent (CSc., Dr.), alespoň jeden z nich zaměstnán mimo MU.

Obsah a rozsah státní doktorské zkoušky, požadované znalosti

Státní doktorská zkouška vychází z oboru a tématu doktorské práce doktoranda, avšak členové komise pro SDZ mohou položit otázky z kterékoli související disciplíny. Kromě znalostí vycházejících z vlastní vědecké práce doktoranda, zaměřuje se zkouška na širší znalosti oboru parazitologie a pak v návaznosti na téma doktorské práce dále jednoho z oborů taxonomie a fylogeneze, ekologie, epidemiologie, evoluční biologie, buněčná biologie, molekulární biologie, imunologie, případně biochemie. Jedná se zejména o prověřování celkového rozhledu uchazeče, detailního přehledu v tématech souvisejících s doktorskou prací, schopnosti samostatné práce v oboru a jeho informovanosti o nejnovějších poznatcích v oboru.

Okruhy témat disertačních prací:

• Morfologie, molekulární diverzita a fylogeneze vybraných skupin parazitů
• Koevoluce v systému parazit-hostitel
• Histologie, imunohistologie a patogenita vybraných skupin parazitů
• Odpověď imunitního systému hostitele k parazitární zátěži
• Evolučně-ekologické aspekty parazitace ve vybraných hostitelsko-parazitických systémech
• Hostitelsky specifičtí paraziti při studiu historie a biogeografie rybích hostitelů
• Analýza funkčních molekul v interakcích parazit-hostitel
• Parazitace lidoopů a antiparazitární chování
• Paraziti invazních hostitelských druhů
• Parazitace komerčních ryb

Informace o individuálním studijním plánu

Individuální studijní plán je koncipován tak, aby zahrnoval:

1. Předměty rozšiřující a prohlubující znalosti širšího vědního oboru nad rámec studia v magisterském programu. Tyto předměty si zapisuje student DSP podle pokynů školitele. Kurzy student absolvuje v prvním až čtvrtém semestru, v každém z těchto semestrů absolvuje zpravidla jeden předmět patřící do této skupiny.
2. Předměty prohlubující specializační znalosti. Tyto předměty si zapisuje student DSP dle vlastního zájmu, vždy však po konzultaci se školitelem. Vybírají se pouze předměty, které student dosud neabsolvoval, a to z nabídky domovské fakulty nebo jiných pracovišť, která mají akreditaci k výuce v DSP, včetně zahraničních. Kurzy student absolvuje v prvním až šestém semestru, v daném semestru zapisuje nejvíce dva specializační předměty.
3. Předměty osvědčující jazykovou vybavenost studenta. Svou schopnost aktivní vědecké komunikace v odborné problematice prokáže zkouškou z odborné angličtiny nebo jiným adekvátním způsobem, např. přednáškou v angličtině na mezinárodní konferenci.
4. Student povinně navštěvuje Parazitologický seminář po dobu 6 semestrů. Je rovněž doporučeno navštěvovat Zoologický seminář po dobu 4 semestrů. Ve zdůvodněných případech, např. u kombinovaného studia nebo u zahraničních studentů, může školitel navrhnout jinou formu této aktivity. Školitel může určit účast na seminářích i v dalších semestrech nebo také doporučit účast na dalším z oborových seminářů.
5. Příprava a pomoc ve výuce v bakalářských a magisterských programech. Student se podílí na přípravě a vedení praktických cvičení v laboratoři (výuka parazitologie, mikroskopická technika) nebo pomáhá při zaučení studentů bakalářského a magisterského studia do metodiky ve spolupráci s příslušným vyučujícím. Minimální rozsah této činnosti jsou dvě vyučovací hodiny týdně v průběhu prvního až čtvrtého semestru nebo tomuto rozsahu odpovídající doba blokových cvičení.

Seznam členů oborové komise

Seznam školitelů

Komise pro státní doktorské zkoušky a obhajoby

Seznam aktuálních témat doktorských prací

Odkaz na vlastní stránky oboru